（一）办公室
　　协助局领导组织综合性政策调研，拟订卫生工作重大政策；负责综合协调机关政务、事务工作；负责会议组织、文秘档案、机要保密、信息信访、宣传报道、督办检查、安全保卫、后勤管理、对外交流和外事等工作。

　　（二）计划财务科
　　拟订全市卫生事业发展规划和年度计划，指导全市区域卫生规划和卫生资源的合理配置；研究提出医疗卫生服务价格建议；管理和安排市级卫生事业经费；监督市直卫生单位基建年度计划的执行，指导基层卫生机构的改造建设；对全市大型医用设备装备的配置实行审查和监督管理；对局机关和直属单位财务进行监督和内部审计；负责卫生统计和劳资统计；按规定做好有关卫生基金的筹集和管理。

　　（三）医政科教科
　　研究指导全市医疗机构改革，拟订医疗事业的发展规划和医疗机构设置规划；按程序依法对医疗机构执业许可进行审批和年审，抓好基层医疗网络建设，并对医疗机构实行分类、分级管理；组织实施医护人员执业标准、服务规范和职业道德规范；监督医疗机构的医疗护理质量和服务质量，依法监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量；组织对重大突发事件和自然灾害的医疗救护和协调工作；负责处理医疗事故、医疗纠纷；负责受理市级医疗广告的申报审查；拟订卫生科技教育发展规划和管理办法，指导医学教育学改革，协助有关部门制订高、中等医学教育规划和招生计划；实施科技兴医和医学科技管理，组织协调省、市级重点医学科研项目的攻关、医学科技成果的普及应用，推动医学科技发展和科技成果转化；负责卫生教育、培训工答，抓好继续医学教育和医学卫生自学考试管理等工作。

　　（四）卫生监督科
　　负责作市食品、职业、环境、放射、学校卫生等社会公共卫生的监督管理工作，拟订并组织实施卫生监督工作规划和计划，检查、督促、指导预防性、经常性卫生监督工作，组织开展卫生法规的宣传教育；负责卫生许可证的发放管理，按程序依法审批卫生许可证；查处卫生违法案件；负责调查处理相关的群众来信、来访、投诉及卫生行政复议等。

　　（五）疾病控制与妇幼保健科
　　拟订传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划并组织实施；指导全市卫生防疫机构建设规划和基层防疫组织工作规范的实施；组织开展疾病预防控制技术咨询和卫生防病知识宣传教育；组织协调全市卫生技术力量，对重大突疫情、病情实施紧急处理，防止和控制疫情、病情的发生和蔓延。

　　拟订地方农村卫生、社区卫生、妇幼卫生（含母婴保健）的发展规划并组织实施，组织、指导初级卫生保健规划实施，负责母婴保健专项技术、生殖健康服务的实施和管理，会同有关部门拟订计划生育技术的卫生标准，监督计划生育技术服务的质量；统筹协调健康教育工作。

　　（六）中医科
　　贯彻执行国家关于中医工作的方针、政策、法规，根据国家和省中医药管理局的工作部署，拟订全市中医发展规划、年度计划和中医行业技术标准，制订中医行业管理制度和办法并组织实施；指导中医医疗机构和综合医院、乡（镇）卫生院、卫生站的中医、中西医结合业务建设；对辖区内的中医医疗机构实行分类、分级管理；指导农村基层中医三级医疗预防保健服务网络的建设；协同有关部门管理中医外事工作，开展国内外技术交流与合作。

　　（七）人事科
　　拟订卫生人才发展规划，指导市辖区内卫生人力资源的合理配置和人事制度改革；负责卫生技术人员资格认定工作；负责局机关公务员管理，组织开展机关政治理论学习和干部职工思想政治工作；负责局机关和直属单位的人事、工资、干部职工教育统计、知识分子和卫生专家管理，以及征兵和军转干部的安置等项工作，按管理权限，做好人员调配、人事任免、干部考核、人才交流、人事档案管理；负责依法治理和普法工作，对行政执法文书进行审核把关、负责法制宣传教育和有关的群众来信来访、举报、投诉的应诉和调查处理及组织听证等法制监督管理工作。

　　（八）监察室（与党委办、纪检合署办公）
　　负责局机关及指导直属单位的党务、统战、政治思想教育、工、青、妇和计划生育工作；负责局机关及指导直属单位的纪检、监察以及武装工作；负责行业作风建设和纠风等工作；受理检举控告、申诉，查处违反党纪、政纪行为以及进行专项检查和开展党纪、政纪、法纪教育。

　　保留市干部医疗保健领导小组办公室，挂靠市卫生局，与医政科合署办公，具体负责市直单位干部医疗保健的日常工作。

　　保留市爱国卫生运动委员会办公室，挂靠市卫生局。维持现有工作程序和独立核算形式，主要负责组织、协调和开展全市城乡社会卫生管理、监督和爱国卫生效果评价，实施农村改水、改厕、除四害（鼠、蚊、蝇、蟑螂）和创建国家卫生城市、卫生城镇工作。